История этого храма довольно-таки древняя. В XV–XVI веках село Козино «на суходоле» в древнем Горетове стане Московского уезда принадлежало известному боярскому роду Бельских. В XVI столетии Козино состояло во владении Димитрия Феодоровича Бельского, и его сын князь Иван Димитриевич передал село в собственность Новодевичьему монастырю. Таким образом, оно более двухсот лет числилось в монастырском владении.

Новая, но тоже деревянная церковь взамен обветшавшей была возведена в 1644 году.
Во второй половине XVIII века построен новый деревянный храм, а в конце XVIII века при Екатерине II, после секуляризации эта земля стала государственной.
В 1866 году благодаря стараниям местного крестьянского общества и усердием Воскресенского первой гильдии купца Павла Цурикова был построен каменный храм с колокольней.

С начала 30-х годов ХХ века в СССР развернулась активная атеистическая кампания, в результате которой были закрыты тысячи церквей. Церковь святителя Иоанна Златоуста в селе Козино была закрыта одной из первых. Основная церковная утварь (в основном, серебряные изделия) была реквизирована в сельсовет, который сгорел на следующий год. Колокола были увезены в Москву и сданы как цветной металлический лом, а деревянный иконостас уничтожили.
В 1933 году на заседании Козинского сельсовета было принято решение о более «рациональном способе» использования бывшего храма, для чего его основные помещения были поделены на два этажа. На первом открыли клуб, а на втором разместилась столярная мастерская.
Трудное испытание выпало на долю храма в военную пору. Церковь Иоанна Златоуста стала участницей обороны Москвы. В деревнях Нефедьево и Козино проходил крайний рубеж обороны. Основное сражение развернулось в Нефедьево, примерно в трех километрах от храма. Здесь сражались бойцы 9-й гвардейской стрелковой дивизией под командованием генерал-майора А.П. Белобородова. В один момент немцам удалось прорвать оборону в Нефедьево и большой отряд фашистов смог добраться до храма Иоанна Златоуста в дер. Козино, где на колокольне размещался наблюдательный пункт командира 258-го полка капитана Суханова. По словам старожилов сюда в Козино пробился из Нефедьева единственный вражеский танк, который и был подбит у церковной стены. Немцы не стали взрывать храм, они окружили его. Чтобы враг не мог завладеть храмом, М.А.Суханов попросил Белобородова дать огонь артиллерии на него. «Прошу огонь на меня!», — говорил М.А.Суханов.

Стены храма выдержали, но колокольня дала трещину. К 6 декабря 1941 года противника удалось выбить из Нефедьево, а наши части захватили трофеи.
До конца 50-х годов ХХ века бывшая церковь святителя Иоанна Златоуста использовалась как складское помещение. В то время в СССР началась новая атеистическая кампания. По просьбе исполкома Красногорского райсовета от 2 июля 1958г. московский областной совет депутатов трудящихся от 7 июля 1958 года принял решение «О сломе церковного здания в селе Козино Красногорского района».

Уничтожение храма было возложено на командование дислоцировавшегося в то время в Нахабине 4-го инженерно-саперного полка. Проститься с храмом-мучеником в назначенный день взрыва пришли почти все жители села. Многие, крестясь, не могли сдержать невольных слез. Колокольня, своды и часть стен, особенно сильно пострадавшие в войну, рухнули сразу.
«Добытый» таким образом кирпич планировалось использовать для строительства животноводческой фермы совхоза «Ильинское-Усово», однако из-за сильных повреждений его оказалось слишком мало. Некоторое время спустя уцелевшие части стен были разбиты вручную, а само место взрыва засыпано песком и землей, как будто хотели навечно стереть память о храме, о вере.

Но на этом история церкви Иоанна Златоуста не закончилась. По благословению Высокопреосвященнейшего Митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия на этом святом и древнем месте вновь идут богослужения.
В июле 2001 года к благочинному протоиерею Константину Островскому обратились жители деревни Козино с просьбой восстановить разрушенный храм. В 21 июля на празднование иконы Божией Матери «Казанская» на месте разрушенного храма был отслужен первый водосвятный молебен. Вскоре на выделенном местной администрацией участке был поставлен строительный вагончик, оборудованный под временный храм.
Первая литургия была совершена в престольный праздник, в день памяти святителя Иоанна Златоуста 26 ноября 2001 года. Указом митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия от 29.11.2001г. священник Иоанн Безруков был назначен настоятелем вновь устроенного прихода.

Пасху 2003 года молодой приход встречал уже в небольшом новопостроенном деревянном храме. В июле был сделан купол и 3 августа, в день памяти священномученика Петра (Голубева) Красногорского, после литургии подняли и установили Крест.
Внутри храма простое, но красивое убранство. На стенах иконы, самые большие – святых равноапостольных Кирилла и Мефодия, а также благоверных Петра и Февронии Муромских с частичкой мощей. В честь их семейного подвига на приходе уже несколько лет с 2007 года проводится праздник — День православной семьи.

21 июля 2008 года в день празднования Казанской иконы Божией Матери, по благословению Высокопреосвященнейшего Митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, благочинным протоиереем Константином Островским, в сослужении настоятеля храма протоиерея Иоанна Безрукова и протоиерея Василия Пичушкина был совершен чин закладки большого каменного храма, который строится недалеко от нынешнего. К сожалению, о восстановлении старого храма речи не идет: чертежей и фотографий не сохранилось.
К Иоанно-Златоустовскому храму приписана Михаило-Архангельская мемориальная часовня в дер. Нефедьево. Она была построена к 65-летию Победы в Великой Отечественной войне вблизи мемориала «На рубеже обороны Москвы». Ее открыли вместе с обновленным мемориалом 9 мая 2010 года. На стенах часовни высечены имена погибших в годы войны жителей деревень Козино, Нефедьево и Желябино – около 180 фамилий.